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[Machine Learning] 머신러닝 파이프라인의 이해 (MLOps) <인프런 - 머신러닝 엔지니어 실무> [내부링크]
안녕하세요 이번 포스팅에선 MLOps의 핵심 문제와 이를 이해하기 위한 배경을 알아보겠습니다. 인프런의 "머신러닝 엔지니어 실무" 강의의 첫 번째 맛보기 영상을 보고, 공부하며 정리한 내용입니다. 목표 1. 머..
[Jupyter Notebook] 폴더, Vscode 쉽게 열기 (터미널 명령어) [내부링크]
Contents 1. 배경 Mac에서 주피터 노트북으로 코딩을 하다가, 노트북이 있는 경로의 폴더를 열거나, vscode를 열 때 일일이 찾아서 했습니다. 하지만 간단한 명령어로 이를 해결할 수 있습니다. 2. 폴더 열기(Fin..
[Python] 얕은복사와 깊은복사 개념&예시 (shallow copy, deep copy) [내부링크]
* 전체 코드 ## 얕은 복사 a=[1,2,3] b=a[:] # b=a.copy()도 똑같이 동작 b.append(1) print(f"{a=}, {b=}, {id(a)=}, {id(b)=}") # 출력: a=[1, 2, 3], b=[1, 2, 3, 1], id(a)=4379693696, id(b)=4379284288 ##..
[Python] 편리한 꿀팁! f-string으로 변수와 값 쉽게 출력 (= 지시자) [내부링크]
* 전체 코드 ## f-string = 지시자 power=100 print(f"{power=}") # 출력: power=100 ## 활용 예시 gesus=100 budda=[] for i in range(5): gesus+=i budda.append(gesus) print(f"{gesus=}, {len(budda) = }, {b..
[Python] 삼항 연산자 (Tenary Operator) [내부링크]
* 전체 코드 ## 삼항연산자 기본 a=10 print("a is big" if a > 5 else "a is small") # 출력: a is big ## 중첩 삼항연산자 a = 3 print("a is big" if a > 5 else "삼위일체" if a==3 else "a is small") # 출..
[Python] Python 코드 실행시간 측정 4가지 방법 (feat. Jupyter Notebook) [내부링크]
Contents 1. 배경 파이썬으로 코드를 짜다보면, 코드가 엄청 오래 걸린다고 느낄 때가 있습니다. 그럴 때 함수 별로, 혹은 코드별로 걸리는 시간을 측정해 병목현상을 해결할 수 있습니다. python 라이브러리를..
[Docker] docker 디스크 사용 상태 확인 (docker system df) [내부링크]
Contents 1. 배경 Amazon의 EC2나 Azure 등 클라우드 서버를 사용하는 경우, 무료 티어에선 용량이 30기가 정도로 매우 적게 할당되는 경우가 있습니다. 웹을 띄우거나, 뭔가 실험적으로 하기엔 매우 적은 용량입..
[Jupyter Notebook] 메모리 사용량 확인하는 방법 (jupyter-resource-usage, memory_profiler) [내부링크]
Contents 1. 배경 주피터 노트북을 사용하다 보면, 특히 머신러닝/딥러닝을 하다 보면 크기가 매우 큰 데이터를 다루게 됩니다. 이때, 여러 노트북을 켜놓아서 여러 노트북들이 메모리를 총 얼마 정도 쓰고 있는..
[청년내일채움공제 후기] 만기 수령 과정 (2020년 가입, 2년형) [내부링크]
Contents 1. 배경 저는 2020년 2월 3일에 중소기업에 입사했습니다. 대학 졸업 후 첫 입사였습니다. 경영지원팀에선 첫 3개월은 수습기간이니, 그 이후에 청년내일채움 공제를 시작하겠다고 했습니다. 처음 계약..
[Docker] docker pause, unpause (stop과 차이점) [내부링크]
Contents 1. 배경 Docker에서 실행 중인 컨테이너를 아예 중지시키는 것 말고, 잠깐 멈추는 것을 할 수 있습니다. Docker에서 실행 중인 작업을 잠깐 멈췄다가, 다시 재개하고 싶은 경우 사용합니다. 아래에서 자..
[Python] Pickle - python의 변수, 함수, 객체를 파일로 저장! [내부링크]
Contents 1. 배경 파이썬에서 텍스트 파일을 읽고, 쓰는 것만으로 충분치 않을 때가 있습니다. 파이썬에서 pickle을 이용하면, 변수를 그대로 저장했다가 불러올 수 있습니다. 예를 들어, python 자체 자료형인 리..
[Docker] 컨테이너(Container) 종료없이 나가기(detach) [내부링크]
Contents 1. 배경 docker 컨테이너에 접속한 뒤, exit이나 Ctrl+D를 누르면 컨테이너가 종료되며 꺼집니다. 이런 경우, 컨테이너에 다시 들어가서 작업을 이어가기가 어렵습니다. 이런 문제를 해결하기 위해, 단..
[Docker] docker run 명령어 개념 [주요 옵션 설명] [내부링크]
Contents 1. docker run 명령어 docker run은 docker의 이미지를 기반으로, 컨테이너를 생성하는 명령어입니다. 옵션에 따라 컨테이너를 바로 실행시킬 수도 있습니다. 기본적인 명령어 형식은 아래와 같습니다...
[M1 Mac] 크롬 비정상 종료문제 해결 (스크린샷 검은 화면 문제 해결) [내부링크]
Contents 1. 배경 M1 Macbook에서 크롬 창을 이것저것 많이 켜서 사용하다 갑자기 그냥 크롬이 꺼져버리는 일이 발생했습니다. 다시 키면, 비정상 종료되었다고 탭을 복구하라는 메시지가 떴습니다. 그런데, 이런..
[Python] f-string 포맷팅2 (2,8,16 진수, 1000단위 쉼표, 정렬, 문자채우기) [내부링크]
* 전체 코드 ### 2,8,16 진수 k=15 print(f"k 2진수: {k:b}, k 8진수: {k:o}") # 출력: k 2진수: 1111, k 8진수: 17 print(f"k 16진수 - 소문자:{k:x}, 대문자:{k:X}") # 출력: k 16진수 - 소문자:f, 대문자:F ##..
[Python] f-string 포맷팅 (소수점, 퍼센트, 부동소수점) [내부링크]
* 전체 코드 ## 기초 예시 a=10 print(f"a: {a}") # Output: 10 print(f"a: {a:.2f}") # Output: 10.00 ## 자주 사용하는 포맷팅 ### 소수점 자리수 import math pi=math.pi print(pi) # Output: 3.1415926535897..
[R] 한글 포함 UTF-8로 DB 읽어오기 (RMySQL, DBI) [내부링크]
* 전체 코드 install.packages("RMySQL") # RMySQL 설치 install.packages("DBI") # DBI 설치 library(DBI) library(RMySQL) # 문자열 컬럼에 대해 UTF-8로 인코딩 set_utf8 Contents 1. 배경 R언어에서 RMySQL과..
[JavaScript] 날짜 제한 설정 하기 (set max date) [내부링크]
Contents 1. 배경 오늘은 2022년 5월 11일입니다. 아래처럼 특정 날짜(아래에선 오늘) 이후로는 선택할 수 없도록 하는 방법을 알아보겠습니다. 왼쪽은 input 태그의 "date" type이고, 오른쪽은 input 태그의 "da..
[JavaScript] 일정시간 후에 debugger 호출하기 [내부링크]
Contents 1. 배경 Javascript에서 디버깅을 하는 경우, 모달 창이 뜬다거나, 추가 동작이 있는 경우, 지정한 시간 이후에 디버깅을 하고 싶은 경우가 있습니다. 이럴 때, 간단하게 쓸 수 있는 코드를 소개하겠습..
하고싶은거 다 하고 산다는 것 [내부링크]
세상에 원칙이 있고, 원리가 있고, 정답이 있다는 무의식적 전제를 깨자. 정답이 있다고 생각하면 내가 틀릴까 두렵고, 있지도 않은 정답을 찾으려 할 것이기 때문이다. 내가 느끼고 이해하고, 바라보..
[DB] 이벤트 설정, 생성, 삭제 [내부링크]
Contents 1. 배경 DB의 특정 테이블에 대해, 특정 동작을 원하는 주기마다 실행시키고 싶은 경우가 있습니다. 예를 들어, send_mail_volume이라는 테이블에서 특정 컬럼을 매일 12:00 AM에 0으로 초기화하고 싶은..
[Python] SQLAlchemy ORM활용 Update Table [내부링크]
* 전체 코드: mysql DB에서 __table1의 id가 'fq48'인 행에 대해, name 컬럼을 'Success!!'로 바꾸는 코드 from sqlalchemy import create_engine, MetaData, Table engine = create_engine('mysql+pymysql://[사..
[백준] 1541 - 잃어버린 괄호 (Python, 숏코딩 2가지) [내부링크]
Contents * 일반 풀이와 숏코딩 풀이 2개 ## 일반 풀이 sik_minus = input().split('-') # 55-50+40 => [55, 50+40] sik_plus = [] #[55, 90] for i in sik_minus: count = 0 i = i.split('+') #[55], [50,40] fo..
[Chrome] 개발자 도구 console clear 방법 및 꿀팁! [내부링크]
웹 개발을 하다 보면, Javascript에서 debugger;를 통해 콘솔 창에서 작업을 하는 경우가 많습니다. 이때, console 창이 지저분해지는 경우가 있는데, 싹 지워버리는 방법을 알아보겠습니다. 또한, 듀얼 모니터를..
[백준] 9012 - 괄호 (Python, 숏코딩 포함) [내부링크]
Contents * 일반 풀이와 숏코딩 풀이 ## 일반 풀이 T = int(input()) ## 테스트케이스 for _ in range(T): brk_list=list(input()) ## 괄호 리스트 pair_check=0 for brk in brk_list: if brk == '(': pair_check..
[백준] 1003 - 피보나치 함수 (Python, 숏코딩 포함) [내부링크]
1003번: 피보나치 함수 각 테스트 케이스마다 0이 출력되는 횟수와 1이 출력되는 횟수를 공백으로 구분해서 출력한다. www.acmicpc.net Contents * 일반 풀이와 숏코딩 풀이 ## 일반 풀이 def fib(N): zeros=[1,0..
[백준] 1343 - 폴리오미노 (Python, 숏코딩 포함) [내부링크]
1343번: 폴리오미노 첫째 줄에 사전순으로 가장 앞서는 답을 출력한다. 만약 덮을 수 없으면 -1을 출력한다. www.acmicpc.net Contents * 일반 풀이와 숏 코딩 풀이 코드 ## 일반 풀이 board = input() # 문자열..
[Python] 유용한 새로운 연산자! 바다코끼리 연산자 := (walrus operator) [내부링크]
Python 3.8부터 바다코끼리 연산자 (:=)가 도입되었습니다. 저도 최근에 알게 된, 매우 생소한 연산자입니다. 간단히 말해, 할당과 반환을 동시에 하는 연산자입니다. 개념과 목적, 예시를 알아보겠습니다. Conte..
[Python] 현재시간 출력 및 포맷팅 방법 (time, datetime library) [내부링크]
이번엔 Python을 이용해 현재 시간을 여러 형식으로 출력하는 방법을 알아보겠습니다. time 라이브러리의 strftime 메서드를 사용해서 간단하게 현재 시간을 나타낼 수 있습니다. strftime 메서드는 datetime에서..
[백준] 2800 - 괄호제거 (Python, combinations) [내부링크]
이번엔 백준 2800 괄호 제거 문제를 풀어보겠습니다. 주요 자료구조는 스택을 사용하며, 조합(combinations)을 이용해 풀어보겠습니다. 2800번: 괄호 제거 첫째 줄에 음이 아닌 정수로 이루어진 수식이 주어진다...
[백준] (12015, 12738) - 가장 긴 증가하는 부분 수열2,3 (Python - bisect) [내부링크]
Contents 이번엔 백준 12015 가잔 긴 증가하는 부분 수열 2 문제를 Python을 이용해 풀어보겠습니다. 12738 가장 긴 증가하는 부분 수열3 역시 아래와 풀이가 완전 동일합니다. * 12015 문제 링크 12015번: 가장..
[Python] 딕셔너리 리스트 Key 순서 정렬 (sort list of dictionary) [내부링크]
이번엔 딕셔너리를 요소로 가지고 있는 리스트가 있을 때, 해당 리스트를 딕셔너리의 key값을 기준으로 정렬하는 방법에 대해 알아보겠습니다. Contents *전체 코드 li = [{'name':'Ace', 'age':87}, {'name':'Be..
[Python] 순서 유지하며 두 리스트 교집합 구하기 (리스트컴프리핸션) [내부링크]
Contents 이번엔 파이썬에서 두 리스트의 교집합을 순서를 유지 하여 구하는 간단한 코드를 보겠습니다. 1. 전체 코드 a = [1,2,3,4,5] b = [5,4,3] c = [3,4,5] [_ for _ in a if _ in c] # a순서 기준 # Output..
[Pandas] JSON 읽고 DataFrame으로 상호 변환하기 [내부링크]
이번엔 JSON파일을 데이터 프레임으로 상호 변환하는 방법에 대해 알아보겠습니다. #전체 코드 import json, pandas as pd # test.json 내용: [{"name":"Jack","age":26},{"name":"Ace","age":87}] with open('te..
[DB SQL] 중복제거 (DISTINCT) [내부링크]
DISTINCT란 중복제거 키워드입니다. SELECT로 DB에서 컬럼을 조회할 때, 중복되는 값을 제거하고 조회할 때 사용합니다. 즉, DISTINCT 키워드를 붙인 필드(컬럼)는 중복 값을 합쳐 한 번만 출력합니다. Contents..
[DB SQL] 정렬 (ORDER BY) [내부링크]
SELECT 쿼리문에서 별 지정이 없을 경우, 레코드(행)의 출력 순서는 DBMS의 디폴트 순서에 따릅니다. 오라클은 입력 순서대로 출력하고, SQL Server와 MariaDB는 기본키에 대해 오름차순으로 출력합니다. ORDER B..
[React Native] 윈도우 WSL2에서 expo 아이폰 빌드 (Tunnel URL not found 해결) [내부링크]
Contents 1. Node.js 설치 해당 링크에서 Noje.js 설치 (https://nodejs.org/ko/download/) 다운로드 | Node.js Node.js is a JavaScript runtime built on Chrome's V8 JavaScript engine. nodejs.org 2. expo..
[Jupyter Notebook] 주피터 노트북 환경설정 경로 확인 [내부링크]
주피터 노트북을 사용하다 보면, 비밀번호를 변경하거나, Nbextensions을 커스텀하여 사용하게 되는 경우가 있습니다. 이럴 때, 주피터 노트북의 환경파일들의 경로를 확인하는 방법을 알아보겠습니다. 1. jupyte..
[DB SQL] Select문 : 데이터 읽기 [내부링크]
SELECT문은 데이터베이스(DB) 테이블의 데이터를 읽어 출력하는데, 이 동작을 조회라고 합니다. 테이블을 조회하는 것은 가장 기본적인 동작이며, SELECT 문은 모든 SQL 명령 중 사용 빈도가 압도적으로 가장..
[Jupyter Notebook] 윈도우에서 실행 위치 설정 [내부링크]
윈도우에서 주피터 노트북을 사용하다보면, 주피터 노트북이 시작될때 원하는 폴더에서 시작했으면 좋겠다고 불편을 많이 느꼈습니다. 오늘은 이 문제를 해결하는 방법을 소개하겠습니다. Contents 1. Jupyter..
[리눅스] md5sum 확인하기 (Check) [내부링크]
[리눅스] md5sum: 무결성 확인 명령어에서 md5sum의 개념과 기초적인 예제 그리고, md5sum으로 폴더를 비교하는 활용 예제를 알아보았습니다. 이번엔 md5sum을 체크하는 일반적인 방법과 옵션들을 알아보겠..
[DB 이론] MariaDB란? [내부링크]
Contents 1. MariaDB AB사의 핵심 창업자 중 한 명이었던 몬티 와이드니어스가 오라클의 정책에 반발하여 2009년 동료들과 나와 MySQL코드를 기반으로 개발한 오픈소스 RDBMS입니다. MySQL과 소스코드가 같으므..
[DB 이론] 데이터베이스란? (DBMS, DB구조) [내부링크]
Contents 데이터베이스란? 데이터베이스는 여러 사람이 공유하여 사용할 목적으로 체계화하여 관리되는 데이터의 집합을 의미합니다. 쉽게 말해, 데이터의 모음입니다. 일반적으로 데이터베이스는 DBMS에 의해..
[DB 이론] SQL이란? [내부링크]
Contents SQL 이란? SQL(Structured Query Language, 구조적 질의 언어)은 관계형 데이터베이스 시스템(RDBMS)을 제어하는 컴퓨터 언어입니다. 일반적인 프로그래밍 언어(범용 언어)와 달리 대화식 언어이기 때..
[향수] 마녀공장 바닐라부티크 허그향수 [내부링크]
마녀공장 바디워시(허그향)를 쓰다가 향이 너무 좋아서 향수를 사게되었습니다. 살짝 달콤하면서 따듯한 봄을 연상시키는 라일락과 레몬버베나가 조화롭게 이루어진 향입니다. 랑방의 애끌라 드 아르페쥬와 향이..
[Linux] 리다이렉션 (표준 출력, 표준 에러 활용) [내부링크]
[Linux] 파일 디스크립터(표준 입력, 표준 출력, 표준 에러)에서 표준 입력, 표준 출력, 표준 에러와 이를 포함하는 개념인 파일 디스크립터에 대해 간략하게 알아보았습니다. 이번엔 파일 디스크립터를 활용하여..
[Linux] 파일 디스크립터(표준 입력, 표준 출력, 표준 에러) [내부링크]
리눅스는 CLI(Command Line Interface)라는 명령어 기반 운영체제입니다. 그렇기 때문에, 명령어(글자)를 입력(Input)하거나, 결과(글자)가 출력(Output)되는 형식으로 이용합니다. 이때, 입력과 출력 종류와 파..
[Python] 문자열을 코드로 (eval, exec 사용법) [내부링크]
파이썬을 사용하다 보면, 변수에 값을 동적으로 할당하고 싶을 때가 있습니다. 쉽게 말해, 파이썬의 문자열을 변수처럼 사용할 수 있다면, 자유롭게 값을 할당하고 다룰 수 있는 경우들이 있습니다. 이런 경우에..
[모닝 루틴] 타이탄의 도구들 아침일기 도전 [내부링크]
오늘 아침에 갑자기 오전 6시에 눈이 떠졌다. 화장실에 앉아있었다. 평소 같았으면 다시 자러들어가서 7시 50분쯤 일어나 준비하고 회사에 갔을 것이다. 그런데 오늘 뭔가 루틴을 바꿔보고 싶었다. 얼마 전에 우..
필터 걸린 엑셀 python에서 사용하는 방법 [내부링크]
안녕하세요! 이번엔 엑셀을 필터가 걸린 상태로 코드로 다루는 방법을 알아보겠습니다. 엑셀 작업을 하다 보면, 필터를 걸어 데이터를 정제하게 됩니다. 그리고, 그렇게 필터가 걸린 상태로 엑셀을 파이썬으로 읽..
[금식] 금식 3일차 후기 (마지막 날) [내부링크]
아침에 샤워를 하는데, 뭔가 춥고 힘들었다. 힘이 없다 보니 행동이 느렸다. 샤워 후 몸무게를 재봤는데, 놀랍게도 어제 자기 전에 쟀을때보다 1킬로가량 빠져있었다. 몸이 추워서, 넥워머와 장갑까지 끼고 나왔..
[금식] 금식 2일차 후기 [내부링크]
아침에 피곤한 몸을 이끌고 샤워를 했다. 몸이 뭔가 마른 것처럼 느껴졌다. 하루 만에 말랐나 싶었다. 어제 잘 때, 꼬르륵 소리가 많이 났고, 배 왼쪽 아래, 위가 있는 부분이 뭔가 불편하게 느껴졌던 게 기억이..
[금식] 금식 1일차 후기 [내부링크]
오늘은 월요일이다. 정말 뜬금없이 금식에 도전하게 되었다. 오늘 하루 종일 음식을 먹지 않았다. 오로지 먹은 거라곤 물과 커피(아메리카노), 그리고 현재 글을 쓰며 마시는 둥굴레차이다. 오늘 하루 몸과 마음..
[금식] 금식 도전 [내부링크]
출근길에 우연히 금식에 관한 유튜브를 보았다. 점심 메뉴 고를때 까지도 별 생각이 없다가, 메뉴를 고를때 순간적으로 그냥 금식이나 해볼까?란 생각에 시작했다. 언제까지 금식해야겠다! 라고 정한건 없다. 무..
클레어 와인랜드(Claire Wineland) : 죽음과 자유 [내부링크]
체인지 그라운드에서 클레어 와인랜드에 대한 유튜브 영상을 보았다. 그리고, 그녀의 유튜브 채널에 가서 여러 영상을 찾아보았다. 그녀는 불치병을 가지고 태어나 평생 병실에서만 지내야 했다. 그녀는 죽음을..
[CSS] Transition(트랜지션) [내부링크]
Transition이란? Transition은 기본적으로, 어떤 상태에서 다른 상태로의 "변화"를 애니메이션으로 만드는 방법입니다. 변화는 이동이 될 수도 있고, 크기의 변화일 수 있고, 색깔의 변화 등 무엇이든지 될 수 있..
[티스토리] Codepen 코드 티스토리에 올리는 방법 [내부링크]
안녕하세요. 이번엔 HTML, CSS, JS 코드와 그 결과를 예쁘게 보여줄 수 있는 사이트 codepen과 어떻게 티스토리 블로그에 적용할 수 있는지를 알아보겠습니다. 코드 펜(Codepen)이란? HTML, CSS, JS를 직접 작성..
[CSS] States (active, focus, hover, visited, focus-within) [내부링크]
States란? 가상 선택자(Pseudo Selectors)의 상태를 의미합니다. 즉, 선택한 요소가 특정한 조건을 만족하면 가상 선택자로 지정한 상태가 됩니다. 예를 들어 :hover(가상 선택자)는 지정한 요소에 마우스를 가져..
[CSS] 선택자(Selectors)와 조합(Combinators) [내부링크]
선택자란? HTML을 구성하는 모든 것은 태그(tag)입니다. HTML 태그들이 정보를 표현하는 역할을 하는 것입니다. 그런데 HTML 태그만 있다면, 그냥 하나의 문서처럼 보일 것입니다. 웹 사이트가 보기 좋고, 예쁜..
[CSS] 속성 선택자(Attribute Selector) [내부링크]
속성 선택자란? 모든 HTML은 태그로 이루어져 있습니다. 이 HTML을 꾸며주는 것이 CSS의 역할입니다. CSS는 HTML의 태그를 선택해서 꾸며줍니다. 이때, HTML의 속성과 속성값을 이용해서 HTML 태그를 선택하는..
[CSS] 가상 선택자(Pseudo selector) 개념, 예시 [내부링크]
가상 선택자(Pseudo selector)란? 보통 선택자는 HTML 태그, Class, Id 등 HTML 요소(element)를 직접적으로 선택하여 CSS를 통해 꾸며줍니다. (선택자 개념: [CSS] 선택자(Selectors)와 조합(Combinators)) 하지..
[CSS] position (static, fixed, relative, absolute) [내부링크]
position 이란? position은 보통 레이아웃에 사용되기보단, 위치를 아주 조금 위로, 아주 조금 오른쪽으로 옮기고 싶을 때 사용합니다. position 종류 Position 설명 static 기본값으로, width와 heigth 조절이..
[CSS] flexbox (display: flex) [내부링크]
flexbox란? box를 원하는 아무 곳에 놓을 때 사용하는 기능입니다. 매우 유연하게 사용할 수 있기 때문에 flex라는 이름이 붙여졌습니다. 특징: 1) 자식 element에 지정하지않고, 부모 element에 지정합니다. (부..
[Jupyter Notebook] 유용한 단축키! Custom 포함 [내부링크]
Jupyter notebook을 사용하다 보면 단축키가 있으면 좋겠다 싶은 순간이 많이 있었습니다. 그럴 때마다 다양한 단축키들을 찾아보고 이용했습니다. 그래도 뭔가 불편함을 느낄 땐 해당 기능을 찾아서 직접 단축키..
[리눅스] sshpass란? [내부링크]
sshpass란? sshpass란 다른 컴퓨터에 바로 ssh 연결을 할 수 있고, 연결된 컴퓨터에서 명령어를 실행할 수 있는 기능을 말합니다. 즉, 다른 컴퓨터에 ssh연결을 한 뒤, 명령어까지 실행할 수 있는 기능입니다. ss..
[CSS] display: inline, inline-block, block 특징 [내부링크]
display 1) inline: width와 height를 가질 수 없다. 2) inline-block: width와 height를 가질수 있고, element가 옆으로 오게한다. 단점: margin, padding을 주지않아도 요소간의 빈 공간이 자동으로 생긴다. 반..
[애드센스] 애드센스 광고 넣는 방법 [내부링크]
드디어 애드센스에 합격하게 되었습니다. 애드센스 합격한뒤 바로 광고를 넣는 방법에 대해 알아보겠습니다. 애드센스란? 애드센스란 구글이 운영하는 광고 게재 사업입니다. 광고주가 구글에 비용을 지불하고 광..
[애드센스] 광고 위치가 이상할 때 [내부링크]
저는 애드센스 승인이 처음 나고, 자동 광고를 적용한 뒤, 사이트에 적용하였습니다. 하지만, 광고들의 위치가 너무 제각각이어서 블로그 보기가 어렵다고 판단되어 광고 위치를 수동으로 조절하고자 했습니다. 그..
선택과 집중, 축적과 정리 [내부링크]
일을 하거나, 독서를 하거나, 살아가면서 배우고 써먹으며 실력이 성장하게 된다. 배우고 써먹으며 유용하다고 느끼는 순간은 매일 존재한다. 유용하게 써먹고 그냥 넘어간다해도, 축적되고 실력이 ..
[블로그] 티스토리 코드 블록 바꾸기 [내부링크]
티스토리 블로그에는 코드블럭이라는 기능이 있습니다. 하지만, 티스토리에서 제공하는 코드블럭이 마음에 들지 않아 직접 Custom 해 봤습니다. 위와 같은 코드블럭 디자인을 Highlight.js를 이용해서 직접 만들..
[Python] map 함수란? 활용법(lambda) [내부링크]
map 함수란? python을 사용하다 보면 map함수를 많이 사용하게 됩니다. map함수는 여러 데이터를 한 번에 일괄적으로 변화하는 기능을 합니다. 주로, 여러 데이터를 담고 있는 리스트에 사용합니다. 기초 사용법..
[Python] Counter 란? [내부링크]
python을 사용하다 보면 문자열이나 리스트에 대해, 각 항목이 몇 개로 이루어져 있는지 구하고 싶을 때가 있습니다. 딕셔너리를 이용해 코드를 짤 수도 있지만, collections 모듈의 Counter 클래스를 사용한다면..
[Python] Ordered dict 이란 [내부링크]
collections 라이브러리의 OrdeOrderedDict 클래스를 알아보겠습니다. python에서 딕셔너리는 key와 value의 쌍으로 이루어진 자료형입니다. ([Python] 딕셔너리: 키(key) 값(value) 바꾸기(swap) 참조) 하지만,..
[Jupyter Notebook] Warning 무시(경고 무시) [내부링크]
Jupyter notebook을 사용하다 보면 출력과 함께 경고(warning)가 발생하여 귀찮을 때가 있습니다. warning이 뜨지 않도록 하는 방법에 대해 알아보겠습니다. warnings 라이브러리를 사용하여 import warnings 경..
[Python] 딕셔너리: 키(key) 값(value) 바꾸기(swap) [내부링크]
딕셔너리(dictionary) 자료형은 key와 value가 짝을 이루어 하나의 요소가 되는 자료형입니다. 딕셔너리 내부에서 key 값은 중복되지 않는 고윳값(unique value)이어야 합니다. 만약, 기존에 있는 key에 다른 v..
[Pandas] 다중 인덱스 엑셀 읽기 및 처리 (Multi Index, Multi Column) [내부링크]
위와 같은 엑셀 파일이 있을 때, pandas로 쉽게 읽고, 처리하는 방법에 대해 알아보겠습니다. 두 사진 모두 Pandas에선 Multiindex 형태라고 지칭합니다. 좀 더 자세히 말하자면, 첫 번째 엑셀은 Multi column..
[Pandas] 리스트(list) 순서로 데이터프레임 정렬 [내부링크]
데이터 프레임에서 특정 컬럼을 중심으로, 리스트에 포함되는 값에 대해, 리스트의 순서대로 정렬을 해야 하는 경우가 있습니다. 예를 들어, 나무에 대해 다양한 정보를 담고 있는 매우 큰 데이터 프레임이 있습..
[리눅스] md5sum: 무결성 확인 명령어 [내부링크]
Contents md5sum 이란? 파일을 다운받거나, 이동하거나, 복사한 후에 원본파일과 동일한 파일인지 확인하는 목적으로 쓰이는 명령어 입니다. 즉, 파일에 대해 md5(Message-Digest algorithm 5)라는 해시 알고리즘..
[Flask] 플라스크 HTML 연결 실습 (로또 추천 시스템 - 조코딩 따라하기) [내부링크]
Flask 플라스크(Flask)는 웹 페이지를 만들 수 있게 해주는 파이썬의 웹 프레임워크입니다. 이전 글[Flask] 플라스크 기초 실습 (python Web Framework)에서 플라스크의 기본 개념과 간단한 예제를 살펴보았습니다..
[Flask] 플라스크 기초 실습 (python Web Framework) [내부링크]
Flask 란? 웹 페이지를 만들 수 있게 해주는 웹 프레임워크입니다. 프레임 워크: 일반적인 정의"소프트웨어의 구체적인 부분에 해당하는 설계와 구현을 재사용이 가능하게끔 일련의 협업화된 형태로 클래스들을..
VCF파일 인덱싱하기 [내부링크]
* Command line bgzip -c file.vcf > file.vcf.gz tabix -p vcf file.vcf.gz vcf파일을 인덱싱하기 위해선, bgzip으로 압축을 한 뒤에, tabix툴을 이용해 인덱싱을 진행합니다. vcf파일은 보통 .gz 형태로 압축을..
[Python] Redmine API 사용법 [내부링크]
redmine이란? Redmine(레드 마인)은 오픈소스(Open Source) 웹 기반의 프로젝트 관리 도구입니다. 프로젝트를 생성하고, 프로젝트 내에서 일감을 추가하여 작성하고, 일감끼리 서로 연결하여 정리가 가능합니다...
[리눅스] screen(스크린) 사용법, screenrc [내부링크]
Screen이란? Screen이란 Linux에서 독립적으로 동작하는 가상 터미널을 띄워주는 것을 의미합니다. 즉, 백그라운드로 동작하는 가상 터미널입니다. 장점: 스크린에서 명령어를 실행시키고 터미널을 꺼도, 명령어..
[Linux] ls 명령어 정리 [내부링크]
ls 명령어(list) ls 명령어는 현재 디렉토리의 파일 목록을 확인하는 명령어 입니다. 리눅스(Linux)는 윈도우와 같은 운영체제로, CLI(Command Line Interface)입니다. (윈도우의 cmd 창) 그러다보니 지금 내가..
[Python] dictionary max value에 대한 key 찾기 [내부링크]
Dictionary Python에서 딕셔너리(dictionary)는 key와 value가 쌍을 이루는 사전 형태의 자료형입니다. key값은 중복이 되지 않으며, key를 중복으로 추가하는 경우 마지막으로 추가한 key : value 쌍이 딕셔너리..
[논문 정리] 8oxoG artifact [내부링크]
-목차- 1. Deep coverage targeted capture sequencing에서 FFPE 분석과 8oxoG artifact와의 관계 2. 8oxoG란? 3. 8oxoG가 생기는 원인 4. 8oxoG artifact를 감소시키는 방법 1. Deep coverage targeted capture..
[Multiqc] Custom Contents [내부링크]
-목차- 1. 배경 2. My module 리포트에 추가 3. 설치 4. 과정 5. 실행 [Tools] - MultiQC에서 Multiqc 툴에 대해 간단히 알아보았습니다. 이번엔 MultiQC에서 Custom Contents를 직접 코드로 짜고 데이터를 추가하..
[Python] VCF 파일을 데이터프레임(DataFrame)으로 [내부링크]
VCF파일의 구조에 대해서 아래의 글에서 알아보았습니다. [생물정보학] - VCF 파일 포맷: 변이 정보를 담은 포맷 VCF 파일을 Input으로 데이터 정제를 하는데 주로 python이 많이 사용됩니다. 이때 VCF파일을 pand..
VCF 파일 포맷: 변이 정보를 담은 포맷 [내부링크]
-목차- 1. Variant calling(변이 검출) 2. VCF 파일 1) 파일 형식 1. Variant calling(변이 검출) SAM/BAM 파일이 생성된 후에, 표준 유전체 서열과 다른 염기(돌연변이, 줄여서 변이라고 함)가 있는지 찾아내는..
[논문 정리] Conpair - 샘플간 swap 확인 [내부링크]
1. Conpair Tumor.bam과 Normal.bam을 Input으로 하여 동일한 개체에서 얻은 샘플인지 Concordance와 Contamination을 계산해주는 툴 * 해당 툴에 대해 다운로드 및 사용법정리 [Tools] - Conpair - tumor.bam nor..
[리눅스] 심볼릭링크 하드링크 개념, 사용법 [내부링크]
-목차- 1. 링크 2. 심볼릭 링크(symbolic link) 3. 하드링크(hard link) 1. 링크 윈도우의 바로가기와 비슷한 기능입니다. 리눅스에서 링크 파일을 수정하면 원본 파일도 수정됩니다. 일반적으로 링크라고 하면..
생물정보학 - Fragment size와 Insert size란? [내부링크]
1. Fragment size와 Insert size란? 1) Fragment size(Fragment length): NGS 시퀀서에 들어간 실제 DNA 한가닥 길이. (Adapter sequence 길이 포함.) 2) Insert size: Adapter 사이에 '삽입된' DNA 길이(Inse..
NGS - DNA 데이터 분석 한장 요약 [내부링크]
1. NGS를 이용한 DNA 분석 NGS(Next Generation Sequencing)를 이용한 DNA 분석은 크게 3단계를 거쳐 진행됩니다. ① 라이브러리 제작(Library Preparation) DNA를 일정한 조각(Fragment)으로 분절화(Shearing)시..
[Python] 이미지에 글자넣고 사이즈 조절하기(PIL library) [내부링크]
-목차- 1. 이미지 불러오기 2. 이미지에 글자 넣기 (ImageDraw 함수) 3. 이미지 사이즈 조절하기 (thumbnail 함수) * 전체 코드 import os from PIL import Image, ImageFont, ImageDraw from IPython.display imp..
[Python] 문자열 자르기 (str to list) [split함수] [내부링크]
-목차- 1. 문자열을 리스트로 바꾸는 2가지 방법 1) list() 함수 이용 2) split() 함수 이용 2. split() 함수 응용 1) split('구분자') 2) maxsplit 지정 3. join함수: 리스트를 다시 문자열로 * 전체 코드 strin..
[Python의 꽃] 리스트 컴프리헨션(List Comprehension) [내부링크]
안녕하세요 이번엔 파이썬에서 간결하고 실용적이고, 직관적인 기능 "리스트 컴프리헨션" 을 알아보겠습니다. -목차- 1. 리스트 컴프리헨션(List Comprension)이란? 2. 기초 사용법 3. 응용 1) 수식이나 함수 적..
Rosalind란? 생물정보학 알고리즘 문제 풀기 [내부링크]
안녕하세요 이번엔 생물정보학 프로그래밍 문제를 풀고 채점을 받을 수 있는 사이트 Rosalind에 대해 알아보겠습니다. -목차- 1. Rosalind 란? 2. 문제를 풀어 제출해보자! 3. 알고리즘 분류 4. 랭킹 시스템 * 깃..
Bam/Sam 파일 포맷: 인간유전체 정보를 담은 포맷 [내부링크]
안녕하세요 저번 포스팅에서는 DNA를 직접 NGS기기에 넣어 나오는 생(raw) 데이터 FASTQ에 대해서 알아보았습니다. FASTQ : DNA 생(raw) 데이터!! 완벽 정리 FASTQ 데이터는 NGS기계에서 추출한 DNA 정보를 '데이..
[Pandas] Dataframe 비교 - 부분비교와 전체비교 [내부링크]
안녕하세요!! 데이터프레임 2개가 있을때 이 두 데이터프레임을 비교하는 2가지 방법에 대해 알아보겠습니다. (전제: 두 데이터프레임의 컬럼 이름이 모두 동일하고, 컬럼별로 datatype이 모두 동일해야 비교가..
[Python 기초] 자료형 [내부링크]
자료형은 프로그래밍 언어의 핵심적인 정체성이자 기본이고, 핵심 단위입니다. python이 다른 언어에 비해서 쉽고 생산성이 높은 핵심적인 이유가 무엇일까요? 바로 자료형의 범용성 때문입니다. python 자료형의..
.gitignore 파일 작성법 기초가이드 [내부링크]
-목차- .gitignore파일이란? .gitignore 파일 규칙 .gitignore 파일이란? .gitignore파일이란 git 버전 관리에서 무시하고 싶은 파일 이름을 기록하는 파일입니다. .gitignore파일에 작성된 파일은 커밋되지 않습..
티스토리 검색엔진 최적화! 구글,네이버 사이트맵 등록! (3분컷) [내부링크]
안녕하세요!! 2020년 4월 27일부로 변경된 티스토리 블로그 사이트맵 등록을 알아보겠습니다. 1. 티스토리 사이트맵 확인 1) 블로그 관리홈에서 블로그 클릭 블로그 관리홈에서 왼쪽 하단에 '관리'에서 '블로그'..
[Pandas] str.extract, str.contains 정규표현식 사용 [내부링크]
안녕하세요 저번 포스팅에서 실무에 유용한 pandas의 4가지 기능에 대해 알아보았습니다. 엑셀로 부터 자유로워진다!! 유용한 pandas 기능 4 가지 안녕하세요 저번에 포스팅에서 pydataset라이브러리를 통해 data..
Conpair - tumor.bam normal.bam 비교 [내부링크]
-목차- 1. Conpair 란? 2. Conpair 설치 3. Conpair 과정 4. 문제점 1. Conpair 란? 1) Conpair : tumor - normal pair에 대한 Concordance(일치율)과 Contamination(오염률) 추정해주는 툴 설명: 동일한 개체에..
FASTQ 파일 포맷 : DNA 생(raw) 데이터 정보를 담은 포맷 [내부링크]
FASTQ 데이터는 NGS기계에서 추출한 DNA 정보를 '데이터'형태로 보여주는 첫 파일입니다. 즉, FASTQ는 DNA 정보를 담고있는 아무 정제없는 가장 날 것의 데이터 입니다. 1. FASTQ의 구성 FASTQ는 아래 4줄이 반복..
타겟 선별과 NGS 시퀀싱 종류 (WGS, WES, Target-seq) [내부링크]
이전 포스팅 2020/06/23 - [생물정보학] - NGS 기반 DNA data 기본 분석 NGS 기반 DNA data 기본 분석 이전 포스팅 2020/06/18 - [생물정보학] - 생물정보학(Bioinformatics) 회사에서 생물정보학자는 무슨일을..
pydataset 이란? 700개 이상의 테스트 데이터 library [내부링크]
pydataset은 python에서 빠르게 다양한 종류의 dataset에 접근해서 dataframe을 불러오는 라이브러리 입니다. 현재 기준 757개의 데이터셋이 존재합니다. python으로 dataframe을 다룰땐 주로 주피터 노트북에서..
[Pandas] 유용한 pandas 기능 4 가지 (컬럼 순서 변경, insert, loc, Groupby) [내부링크]
안녕하세요 저번에 포스팅에서 pydataset라이브러리를 통해 dataset을 가져오는 것을 정리해보았습니다. 2020/07/23 - [python] - pydataset 이란? 700개 이상의 테스트 데이터 library pydataset 이란? 700개 이..
[Jupyter Notebook] 예쁘게! 자유롭게! 테마 설정 [내부링크]
안녕하세요!! 주피터 노트북을 통해 코딩작업을 하다보면 재밌을 때도 있지만, 너무 심심할때가 있습니다. 그럴때 테마를 예쁘게 꾸며주면 기분이 상당히 좋아집니다. 이번에 다룰 내용은 테마 설치하는 법, 테마..
[Jupyter Notebook] 확장 기능! Nbextensions [내부링크]
Contents 1. Nbextensions 이란? 주피터 노트북 확장 프로그램으로, 실행 시간, 목차, 변수 탐색기 등 기능 사용 가능. 2. Nbextensions 설치 및 사용방법 1) nbextensions 설치 pip install jupyter_nbextensi..
bedtools merge [내부링크]
1. bedtools merge Input으로 들어온 bed 파일에 대해, 서로 겹치는 영역을 하나로 합쳐주는 기능입니다. 2. 주요 옵션 1) c 옵션: 컬럼 번호를 지정하여, -o 옵션을 수행합니다. 2) o 옵션: Default는 sum 이며..
[Jupyter Notebook] docker를 이용한 jupyter notebook 사용 [내부링크]
서버를 사용하다 보면 docker를 이용해서 사용자 환경을 구성해야 하는 경우가 있습니다. 이번엔 서버에서 docker를 이용하여 jupyter-notebook을 띄우고, 일반 로컬 컴퓨터에서 접속하는 방법에 대해 알아보겠습..
bedtools - 양쪽 base pair 늘리고, 합치기 [내부링크]
1. slop: base pair 늘리기 bedtools slop -b 20 -i -g 설명: 의 모든 영역에 대해 앞, 뒤로 20 base pair 늘리는 명령어 입니다. # 링크: https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/slop.html..
암 정복 연대기 [내부링크]
1. 책 소개 이 책은 아래 그림의 3 가지 세대별 항암제가 어떻게 개발 되었고, 어떻게 발전하게 되었는지를 서술한 책입니다. 항암제 개발에 있어 제일 기초가 되는 연구부터 시간순으로, 핵심 인물의 연구들을..
MultiQC [내부링크]
1. MultiQC란? MultiQC는 bioinformatics 기본 분석 과정에 생성되는 log파일들을 자동으로 인식하고, 취합하여 보기 좋게 HTML 리포트를 생성해주는 툴입니다. 즉, bioinformatics의 여러 가지 툴들의 Output을..
Redmine [내부링크]
1. 프로젝트 관리 도구란? 일을 할 때, 프로젝트 별로 나누어서 일을 체계적으로 기록할 수 있도록 도와주는 툴을 말합니다. 구체적으로 말하면, 아래와 같은 기능을 제공하는 툴을 말합니다. 1) 프로젝트 : 특정..
Central Dogma(중심원리)란? [내부링크]
1. 탄생 배경 1953년 왓슨과 크릭이 DNA 이중나선 구조를 밝히면서 분자생물학 혁명이 시작되었습니다. 이 혁명은 1960년대 중후반까지 지속되었고, 유전정보가 DNA로부터 RNA를 거쳐 단백질로 전달된다는 센트럴..
linux 서버에서 메일보내기 (python 이용) [내부링크]
1. 필요한 이유 서버 작업량이 많아지고, 오래 걸리는 작업을 동시에 여러개 진행하다 보면, 어떤 일이 언제 끝났는지, 결과가 어떤지 에러가 나지 않았는지 파악하는게 쉽지 않습니다. 메일을 통해 이 문제를..
암(Cancer)과 생물정보학(BioInformatics) [내부링크]
암(Cancer)과 생물정보학(BioInformatics)은 어떤 관계가 있을까? 바꿔 말하면, 생물정보학 기술을 이용하면 암의 치료에 어떤 영향을 줄 수 있을까? 에 대해 정리하겠습니다. 1. 암의 발생 원인 "체세포 안에서..
NGS 기반 DNA data 기본 분석 [내부링크]
이전 포스팅 [생물정보학] - 생물정보학(Bioinformatics) 회사에서 생물정보학자는 무슨 일을 하는지, 현재 제가 하는 일은 무엇인지 간단히 알아보았습니다. 이번엔, DNA 데이터가 도착하면 항상 하는 기본 분석..
생물정보학(Bioinformatics) 회사 [내부링크]
생물정보학 회사는 어떻게 굴러가고, 어떻게 이익을 창출하는지 정리하겠습니다. (모든 생물정보학 기반 회사가 같은 일을 하는 것은 아닙니다. 현재 우리나라의 대부분 생물정보학 회사의 업무 흐름을 작성하겠습..
생물정보학 분야에선 어떤일을 할까? [내부링크]
이 글을 쓰는 이유는 회사마다 다르겠지만, 생물정보학 분야에선 어떤일을 하고, 어떤 역량이 요구되는지 제 경험과 더불어 최대한 보편적으로 정리하기 위함입니다. 1. 생물정보학이란? 생물정보학(Bioinformatic..
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